۱رجب سال۵۷هجري قمري تا ۷ذي الحجه سال۱۱۴هجري قمري:
دوران امامت حضرت باقر ۲۰سال بود. امام‌محمدباقر در جریان عاشورای حسینی در کربلا حضور داشت و در آن زمان، کودکی خردسال و همراه با کاروان اسیران بود. امام‌محمدباقر در یکی از پرآشوب‌ترین دوره‌های تاریخ اسلام می‌زیست. و نقش برجسته او را بایستی در تعیین مرزهای عقیدتی اسلام و تشیع انقلابی دراین دوران پر فتنه و آشوب دید.
دراین دوران، سلسله بنی امیه به‌رغم سرکوبهای فجیعی که یزید کرده بود، روزبه‌روز روبه افول می‌گذاشت و بر نارضایتی توده‌های مردم افزوده می‌شد. در سراسر سرزمینهای تحت حاکمیت بنی‌امیه گرایشها و جنبشهایی عمدتا با مضمون خونخواهی شهیدان کربلا علیه حاکمیت بنی‌امیه شکل می‌گرفت ورهبران آنها از همه طرف نزد امام‌محمدباقر می‌آمدند و خواستار حمایت و تأیید او می‌شدند. قویترین این جنبشها به‌رهبری بنی‌عباس پا ‌گرفت که به نشانه سوگوار نشان دادن خویش عمامه و دستارهای سیاه بر سر می‌بستند. اما این جنبشها عموما فاقد مرزبندیهای عقیدتی قابل‌قبول با ارتجاع اموی و با اسلامهای انحرافی بودند. به همین جهت امام‌باقر که یک مشی اصولی را دنبال می‌کرد، نمی‌توانست تمامیت این جنبشها را به‌خاطر مخدوش بودن مرزهایشان مورد تأیید قرار دهد. در واقع، چیزی که در بطن این جنبشها بایستی حل وفصل می‌شد و کمبود جدی بود این بودکه صرف خونخواهی امام حسین مسأله‌یی را حل نمی‌کرد بلکه تحت لوای این شعار، گروههای تازه‌یی می‌توانستند‌ برای خود مشروعیتی کسب کنند اما دو قدم آنطرفتر دوباره همان بساط شبه اموی را به راه بیندازند کمااینکه بنی‌عباس که سرانجام حکومت امویها را سرنگون کردند و خود زمام امور را به دست گرفتند، این بار با ظاهر احترام آمیز نسبت به امامان شیعه و با شیوه‌های دجالگرانه، باز هم به غصب حقوق ائمه و سرکوب آنها و پیروان واقعی آنها پرداختند و با همین شیوه‌ها مانع فعالیت امامان می‌شدند. دراین دوران که بیم مخدوش شدن مرزها وجود داشت، تنها ملاک صحت مرزبندیها چیزی جز وجود شاخص نبود و بالاترین شاخص، خود ائمه اطهار بودند. بنابراین جریان و گرایشی می‌توانست اصولی باشد که حق رهبری و امامت ائمه اطهار را که تنها ملاک واقعی اسلام ناب محمدی و علوی و حسینی از اسلامهای دروغین و استثمارگر بودند، به رسمیت بشناسد.
بدون این شاخص و ملاک، حتی آن دسته از منتقمین خون امام حسین هم که نسبت به حسن نیت وفداکاریشان هیچ تردیدی نبود، نه تنها در امر انتقام خواستن از خون حسین به هدف خویش نمی‌رسند بلکه در مشخص کردن مرزهای خود با انبوه ”انتقامجویان“ معمول آن روز نیز توفیقی نمی‌یابند. قابل ذکراست که رهبر یکی از این جنبشها زیدبن‌علی، برادر خود امام‌محمدباقر بود که مردی بزرگوار ومورد احترام اهل بیت و شخص امام بود و سرانجام در همین راه هم به شهادت رسید. ‌اما امام حتی جنبش زید را هم تأیید نکرده بود.

امام پنجم طی 20سال امامت خویش، مشی خود را براساس 3 اصل زیر دنبال می‌کرد:
۱- مرزبندی کامل و صریح هم با دستگاه خلافت وهم با مدعیان دیگر رهبری اسلام
۲- ارائه و معرفی ابعاد نظری اسلام اصیل و انقلابی
امام باقر به‌طور فعال در مبارزه نظری با فقیهان و محدثان آن زمان که یا بر اثر جهل و ساده‌لوحی و یا آگاهانه سهم قابل توجهی در خدمت به دستگاه خلافت و یا مدعیان ناحق داشتند، شرکت می‌کرد و در مناظره و مباحثه با آنها فعالانه حضور می‌یافت. شهرت امام پنجم به ”باقرالعلوم“ یعنی شکافنده مسایل بغرنج دانش، به‌خاطر مبارزه نظری امام با اندیشه‌های انحرافی است. او در کنار خانه کعبه می‌نشست و جلسات بزرگ پرسش و پاسخ تشکیل می‌داد و به سؤالات و ابهامات پاسخ می‌گفت.
بعد از حادثه کربلا و مشخصا در زمان خود امام باقر جریانی دربین مسلمانها سربرآورده بود که تحت عنوان زهد وتقوا به گرایشات انزواطلبانه فرامی‌خواند و کاروکوشش را نکوهش می‌کرد. امام پنجم از جمله در مقابله با این جریان می‌گفت که هرکس باید خودش کار کند واز دسترنج خودش امرارمعاش نماید وامام خودش به‌رغم مشکل جسمی، در روزهای گرم، در مزرعه، دوش‌به‌دوش کارگران کار می‌کرد و آن انزواگری ارتجاعی را نکوهش می‌نمود.
۳-سازماندهی، هدایت و تغذیه شبکه مخفی و زیرزمینی شیعیان
این فعالیت، مستقل از مبارزه سیاسی افشاگرانه با قدرت حاکمه منحرف زمان امویها و بعداً عباسیها صورت می‌گرفت. به انقلابیونی که دراین شبکه فعالیت می‌کردند، «اصحاب سِر» یعنی صاحبان راز یا رازدار می‌گفتند. امام محمد باقر این جنبش زیرزمینی را که از زمان پدرش امام زین‌العابدین تشکیل شده بود، هدایت کرده و گسترش می‌داد. اینها در حقیقت، اعضا وکادرهای نهضت بودند که درسطح گسترده‌یی ازسرزمینهای تحت حاکمیت خلفا فعالیت داشتند و شبکه‌های مختلف شیعه را در اقصی نقاط تغذیه می‌نمودند و بدین ترتیب مناطق تحت حاکمیت خلیفه را به‌صورت خاستگاه مسلمانان انقلابی و طرفداران ائمه درمی‌آوردند. همین ساختار بود که تا زمان غیبت امام دوازدهم به‌رغم دستگیری و شکنجه و اعدام و حتی کشتارهای جمعی پیروان علی توسط عباسیان دوام آورد.
امام باقر در ۷ ذی‌الحجه سال ۱۱۴هجری در سن ۵۷ سالگی به دستور خلیفه وقت هشام‌بن‌عبدالملک‌مروان، توسط والی مدینه، مسموم و به شهادت رسیدند. مرقد امام محمد باقر درقبرستان بقیع در مدینه است.