پس از این‌که تظاهرات مسالمت‌آمیز ـ پانصدهزار نفره ـ مردم در ۳۰خرداد ۶۰با فرمان صریح خمینی به خاک و خون کشیده شد و پاسداران دختران دانش‌آموز هوادار مجاهدین را شبانه ـ بدون این‌که اسم‌شان را بدانند ـ اعدام کردند، مبارزه سراسری و انقلاب علیه رژیم خمینی آغاز شد. با شروع مبارزه سراسری، شکل ‌دادن به یک جایگزین دموکراتیک و مردمی در برابر رژیم خمینی، در دستور کار مقاومت انقلابی قرار گرفت و ۳۰تیرماه سال۶۰، مسعود رجوی تأسیس شورای ملی مقاومت را در تهران اعلام کرد. این ائتلاف که برخی جریانهای و شخصیت‌های سیاسی به عضویت آن درآمدند در ادامه گسترش بیشتری یافت.
مسعود رجوی پیش از آن نیز تلاش گسترده‌یی برای متحد کردن نیروهای دموکراتیک و مخالفان جمهوری اسلامی آغاز کرده بود و نشریه مجاهد که پر تیراژترین روزنامه آن زمان بود بخشی از صفحات خود را تحت نام شورا به سایر گروهها و شخصیتها اختصاص می‌داد تا نظراتشان را بیان کنند
مسعود رجوی در تاریخ ۷مرداد ۶۰ به‌منظور معرفی و پیشبرد امر آلترناتیو از قلب پایگاه یکم شکاری دشمن در مهرآباد تهران به پاریس پرواز کرد و این‌گونه جبهه بزرگ نبرد سیاسی و بین‌المللی علیه خمینی گشوده شد. انتشار خبر تشکیل شورای مقاومت، عملیات بزرگ پرواز و آغاز سلسله مصاحبه‌های مسعود رجوی با رسانه‌های مختلف، میخ تثبیت آلترناتیو قدرتمند سیاسی را کوبید و ارکان نظام ولایت فقیه را لرزاند.

تأسیس شورای ملی مقاومت توسط مسعود رجوی
مسعود رجوی در بیانیهٔ نخستین سال تأسیس شورای ملی مقاومت گفت:
«تأسیس شورای ملی مقاومت دقیقاً "در فضا و شرایطی که رژیم خمینی با تمام توان به وحشیانه‌ترین سرکوب هر گونه مخالفت و مقاومت برخاسته بود، صورت گرفت. او بر آن بود تا با سرکوب هر گونه آزادیخواهی ماهیت دموکراتیک و استقلال طلبانه‌ی انقلاب ما را قلب نموده و به گور بسپارد. اما مقاومت آتشین رشیدترین فرزندان خلق همراه با تأسیس بلافصل آلترناتیو سیاسی (شورا) به تمامی جهانیان ثابت نمود که انقلاب عظیم ما نه مرده و نه خاکستر شده بلکه دقیقاً " برخلاف منویات پلید خمینی در مسیر حقیقی و بر دوش وراث واقعی خود هم‌چنان به پیش می‌رود.»
مسعود رجوی ضمن تأکید بر نقش و جایگاه شورا افزود: «از این حیث به‌ویژه باید بر اهمیت و ارزش ملی و مردمی این شورا تأکید نموده و وظایف همه‌ٔ نیروهای ترقیخواه و میهنی را در تثبیت و تقویت آن خاطرنشان کنم. به عبارت دیگر در شرایط داخلی و بین‌المللی حاضر پشتیبانی و تقویت شورای ملی مقاومت از مبرم‌ترین وظایف هر نیرو یا عنصر انقلابی و ملی به‌شمار می‌رود. به‌نحوی که همه‌ٔ مرتجعین، ضد انقلابیون و فرصت‌طلبانی که به این وظیفه پشت پا زده و در متلاشی کردن این شورا قدم و قلم می‌زنند اکیداً در برابر تاریخ و مردم ایران مسئول، حرمان زده و تا ابد شرمسار خواهند بود.»
رژیم آخوندی از همان تاریخ تلاش کرد با انواع روشهای تهدیدآمیز و تفرقه‌افکنانه و انواع توطئه مانع گسترش، اتحاد و اعتلای نیروها و جریانهای مختلف در شورا گردد اما مسعود رجوی در رأس شورای شورای ملی مقاومت مقاومت ایران توانست ضمن تضمین بی‌آیندگی رژیم ضدبشری، با افشای جنایتهای رژیم آخوندی در عرصه‌های مختلف تروریسم، حقوق‌بشر، اتمی و... جایگاه شورای ملی مقاومت را به‌عنوان دیرپاترین ائتلاف سیاسی در تاریخ ایران تثبیت نماید.
در سی‌ و هفتمین سالروز تأسیس شورا که در ۱۴تیر ۱۳۹۷ برگزار گردید، مریم رجوی با یادآوری مبارزات شورا در پهنه‌های گوناگون افزود: از افشای نقض حقوق‌بشر در ایران تا بمب‌سازی و برنامه مخفیانه اتمی و از صدور ارتجاع و بنیادگرایی تا افشای تروریسم و نیروی تروریستی قدس و برنامه‌های موشکی رژیم، شورای ملی مقاومت ایران مبتکر، آغازگر و پرچمدار بوده و شرایط‌ِ به‌دام افتادن دشمن مردم ایران را در این میدانها فراهم کرده است.