در کتاب استراتژی قیام و سرنگونی به قلم مسعود رجوی آمده است:
در فاصله اول تا دهم بهمن ۱۳۵۷ یعنی از فردای روزی که ما از زندان آزاد شدیم تا دو روز قبل از ورود خمینی به تهران، تقریباً هر روز احمد خمینی با من از پاریس تماس تلفنی داشت و از قول خود خمینی هم برای مجاهدین دست تکان می‌داد. یکبار به صراحت در همان روزهای اول که هنوز اوضاع تعیین‌تکلیف نبود به من گفت که اگر شما تابلو بزنید و مجاهدین را علنی کنید، یک میلیون جوان در تهران و شهرستانها می‌آیند و ثبت نام می‌کنند. یکبار هم تماس گرفت و گفت آقا تأکید کرده‌اند که می‌خواهند در موقع ورود به تهران حفاظتشان با مجاهدین باشد و شما برای این موضوع حتماً آقای بهشتی را ببینید، بقیه‌اش را در تلفن نمی‌توانم بگویم...
مسعود رجوی در ادامه توضیح می‌دهد ۲۹سال بعد در خاطرات ناطق نوری (خبرگزاری فارس-۱۴بهمن ۸۶) خواندم که چطور مطهری و بقیه برای خمینی خط‌ و نشان کشیدند که اگر مسئولیت حفاظت را مجاهدین بدهید و تریبون بهشت زهرا دست آنان باشد از شما جدا می‌شویم و مانع از این کار شدند.
پیش از ورود خمینی به تهران، فرزندش احمد در تماس با مسعود رجوی گفته بود:
اگر شما از امام حمایت کنید و با مخالفانش مبارزه کنید، همه درها به رویتان باز خواهد شد و همه امکانات در اختیار شما قرار خواهد گرفت. مسعود رجوی با رد پیشنهادهای خمینی، گفت ما خواهان برقراری یک حکومت ملی و دموکراتیک هستیم و اگر خمینی در این مسیر حرکت کند البته برای او جانبازی هم خواهیم نمود. (مسعود رجوی ـ استراتژی قیام و سرنگونی صفحه ۱۵۶)

مسعود رجوی ـ اولین دیدار با خمینی
مسعود رجوی در توصیف اولین دیدارش با خمینی می‌نویسد:
«خمینی یک شب پسرش احمد را که بسیار به مجاهدین ابراز ارادت و سمپاتی می‌کرد نزد من فرستاد. هنوز رژیم شاه به‌طور کامل سقوط نکرده بود و ما هم دو سه هفته بود که از زندان آزاد شده بودیم. پایگاهی که من در آن بودم، مخفی بود و برای همین وقتی که مجاهدین می‌خواستند احمد را به آنجا بیاورند، خودش از بابت مخفی‌کاری پیشنهاد کرده بود اگر لازم است چشمم را ببندید! وقتی هم که مرا دید گفت که به برادرانتان گفتم که چشمم را ببندند ولی خودشان این کار را نکردند. از اوایل شب تا صبح روز بعد جز چند ساعت که احمد همانجا روی تک تختی که داشتیم خوابید، با من صحبت و در دل می‌کرد. اما چکیده حرف این بود که رهبری پدرش را بپذیریم و من هم از همین پرهیز داشتم. از بسیاری روحانیان و مراجع بد می‌گفت و این‌که خمینی از آنها دلش پر خون است. مثلاًًً به خانواده صدر در عراق و لبنان به‌شدت تاخت و تاز می‌کرد و می‌گفت اینها را از روز اول "سیا" عَلَم کرد. برجسته‌ترین حرفهایش که به‌یادم مانده این بود که علیه کمونیستها موضع‌گیری کنید و با هر کس که " امام" وارد جنگ شد، شما هم وارد جنگ شوید که در این‌صورت همه درها به‌ رویتان باز خواهد شد. من احمد را آن شب پی کارش فرستادم و چند شب بعد با برخی برادرانمان در محل استقرار خمینی در یک اتاق خصوصی در جنب اتاق دیدارهای عمومی او دیدار کردیم. احساس کردم از این‌که دستش را نبوسیدم و به روبوسی معمول اکتفا کردم، جا خورد چون طبق روال آن روزگار هر کس که به او می‌رسید، اول دستش را می‌بوسید. اما همین که خواستم صحبتهای جدی را شروع کنم، بهانه آورد که نماز مغرب دارد دیر می‌شود و به من تکیه داد و از جا بلند شد. گفتم آقا، حرفهای ما چه می‌شود، با اشاره به احمد گفت: احمد که هست، بنویسید به او بدهید من حتماً می‌خوانم. منهم بلادرنگ در سالن پایینی همین مدرسه رفاه چند صفحه نوشتم و به احمد دادم.» مسعود رجوی ـ استراتژی قیام و سرنگونی

مسعود رجوی ـ اعتراض به چماقداری و رفتار با آیت‌الله طالقانی
در روز ۳۰فروردین۵۸ مسعود رجوی در ملاقاتی با احمد خمینی ضمن اعتراض به چماقداری و رفتار کینه‌توزانه کمیته‌چی‌ها با هواداران مجاهدین، رفتار حکومت با آیت‌الله طالقانی را محکوم کرد. احمد خمینی در این دیدار از مسعود رجوی درخواست کرد که مبانی اعتقادی سازمان مجاهدین را بنویسند و منتشر کنند تا دشمنی‌ها با آنها پایان یابد. هدف و انتظار احمد خمینی از مسعود رجوی این بود که او مطلبی در تأیید و پذیرش ولایت فقیه و رهبری خمینی بنویسد، اما مسعود رجوی ضمن استقبال از انتشار مبانی اعتقادی سازمان مجاهدین خلق هیچ اشاره‌یی به رهبری خمینی و موضوعات مورد علاقه او نکرد. مسعود رجوی در همین رابطه می‌گوید:
«من می‌دانستم که هدف او و پدرش، اذعان ما به ولایت و رهبری سیاسی و ایدئولوژیک خمینی است! با این همه، آن روز (۳۰فروردین ۱۳۵۸) در جواب به احمد خمینی گفتم: ای به چشم، هم الآن اصول اعتقادی‌مان را می‌نویسم و امضاء و تقدیم ایشان می‌کنم. سپس همان‌جا، در حضور خودش، با لحن بسیار محترمانه خطاب به خمینی نوشتم: «حسب‌الامر آن پدر گرامی که از ارکان اعتقادی این‌ جانبان سؤال فرموده‌اید، معروض می‌دارم که: ارکان عقیدتی مجاهدین همان ارکان عقیدتی دین مبین اسلام و مذهب حقه جعفری اثنی‌عشری است». در ادامه شهادتین نوشتم و سپس پنج اصل دین و مذهب...
وقتی این کاغذ را کپی گرفتم و نسخه اصلی را به احمد دادم تا برای خمینی ببرد، به‌دقت خواند و گفت: همین؟ گفتم: بله، مگر نگفتند اصول اعتقادی را بنویسیم؟ من هم اصول اعتقادی را نوشتم و فردا هم منتشر می‌کنیم تا ببینیم چماقداری و ضدیتهایی که شما می‌گویید، تمام می‌شود؟ احمد گفت: آخر از رهبری امام و اقتصاد و مالکیت هیچ‌چیز ننوشته‌اید! گفتم: حاج احمد آقا! ایشان خودشان ارکان اعتقادی را خواسته‌اند، نه اقتصاد و مالکیت و مسائل بحث‌انگیز دیگر را».
احمد خمینی که دید بحث بیشتر فایده ندارد، همین کاغذ را گرفت و رفت و روز بعد ما آن را منتشر کردیم و روزنامه‌ها هم منعکس کردند.
بعداً پدر طالقانی گفت: جگرم از این شهادتین گفتن آتش گرفت. کسانی که از قبل، شهادتین را در اتاقهای شکنجه و در برابر جوخه‌های اعدام می‌گفتند، وضعیت به کجا رسیده که حالا باید بیایند بعد از سقوط شاه شهادتین بگویند... مسعود رجوی ـ استراتژی قیام و سرنگونی صفحه ۴۵

مسعود رجوی ـ آخرین دیدار با خمینی در قم
یک هفته بعد از دیدار احمد خمینی و مسعود رجوی، خمینی از طریق احمد به مسعود رجوی پیام داد که خواهان دیدار با او در قم است. در این دیدار هم به‌جا نیاوردن رسم دستبوسی از جانب مسعود رجوی و همراهانش خشم خمینی را برانگیخت

مسعود رجوی در این باره می‌گوید:
«در بدو ورود هیأت مجاهدین که فکر می‌کنم ۱۰-۱۲نفر بودیم، وقتی دید برخلاف معمول و دیدارهایی که با سایرین داشت، باز هم از تکبیر گفتن و دستبوسی خبری نیست ناگهان از کوره در رفت و بر سر مجاهد شهید محمود میرمالک که از این صحنه عکس می‌گرفت به طرز بسیار خشن و زننده‌یی فریاد زد: «عکس نگیر»! این در حالی بود که دفتر خمینی خودش روز بعد خبر این ملاقات را به مطبوعات داد.
اما بعد از فریاد کشیدن خمینی من برای این‌که این ملاقات و آنچه می‌خواهیم بگوییم، در هم نریزد، دوربین را گرفتم و با فیلمهایش به احمد دادم و رو به خمینی با اشاره به دوربین در دست احمد گفتم: «خدمت خودتان باشد». بعد که خمینی بر خودش مسلط شد، موسی (سردار خیابانی) و من را که هر دو مسلح هم بودیم، در سمت چپ و راست خودش نشاند و شروع به صحبت کرد...»

انعکاس روزنامه‌ها از ملاقات مسعود رجوی با خمینی
مسعود رجوی در ادامه ضمن تشریح مقدمه چینی‌های خمینی می‌نویسد: «حرفش با ما این بود که: خیلی از آقایان از شما شکایت و گله دارند و همین دیروز هم که فهمیدند شما اینجا می‌آیید، همه کتابها و اعلامیههایتان را آوردند به من نشان دادند، اما من اعتنا ندارم و فقط می‌خواهم شما با مردم و اسلام باشید تا اوضاع سابق به کشور برنگردد...(نقل به مضمون).
منظور خمینی از مردم و اسلام واضح بود.گردن گذاشتن به ولایت و هژمونی خودش را می‌خواست که طبعاً مرز سرخ ایدئولوژیکی ما با ارتجاع بود.

منهم گفتم: ما اسلاممان را ساده پیدا نکرده‌ایم بلکه اعتقاد به آن را از لابلای رنج و خون مردم ایران و جوخه‌های اعدام و اتاقهای شکنجه به‌دست آورده‌ایم. از شما هیچ درخواست دنیوی و مادی نداریم. در راه آزادی و استقلال ایران، ما را بدون کمترین چشمداشت دنیوی و مادی، کمترین سربازان خود بدانید. اکنون قدرت سیاسی و قدرت مذهبی در شما متمرکز شده و اگر در راه خدا و خلق از آن استفاده شود می‌تواند کون و مکان را تغییر دهد (نقل به مضمون). سپس خطبه حضرت علی در نهج‌البلاغه در مورد حق مردم بر والی و حاکمیت، و حق والی و حاکمیت بر مردم را برایش خواندم و نتیجه گرفتم که محور و کانون همه مسائل و خواستها که انقلاب ضدسلطنتی هم اساساً برای آن به‌پا شد، مسأله آزادی است. خمینی این نتیجه‌گیری را تماماً ًتایید کرد و گفت: «اسلام بیش از هر چیز به آزادی عنایت دارد و در اسلام خلاف آزادی نیست الا در چیزهایی که مخالف با عفت عمومی است». مسعود رجوی ـ استراتژی قیام و سرنگونی صفحه ۵۰
دو روز بعد در تاریخ ۸اردیبهشت ۵۸ روزنامه‌ها همین دیدار را منعکس کردند و از قول مسعود رجوی نوشتند:
«ما مکتب اسلام را از لابه‌لای جوخه‌های اعدام و شکنجه‌ها کسب کرده‌ایم».

مسعود رجوی ـ دیدار با خمینی